Konflikt interesów powstaje wówczas, gdy okoliczności finansowe, zawodowe, osobiste lub inne mogą wpływać — lub mogą być postrzegane jako wpływające — na obiektywizm przygotowania, recenzowania lub publikacji pracy naukowej. Przejrzyste ujawnienie takich okoliczności jest obowiązkowym warunkiem współpracy z European Journal of Interdisciplinary Issues i jest zgodne z zaleceniami COPE oraz ICMJE.

Autorzy zobowiązani są ujawnić wszelkie potencjalne konflikty interesów — zarówno finansowe (granty, stypendia, honoraria, patenty, umowy konsultingowe, udziały kapitałowe, wynagrodzenie za przygotowanie materiału), jak i pozafinansowe (powiązania osobiste, akademickie lub polityczne, członkostwo w organizacjach, konkurencyjne stanowiska naukowe). W artykule należy obowiązkowo wskazać źródła finansowania badań oraz rolę sponsorów. W przypadku braku konfliktu interesów autorzy zamieszczają oświadczenie: „Autorzy oświadczają, że nie występuje konflikt interesów".

Recenzenci powinni odmówić recenzowania manuskryptu, jeżeli mają konflikt interesów w odniesieniu do jego autorów, treści lub źródeł finansowania, albo jeżeli nie mogą zapewnić bezstronnej oceny. Informacji uzyskanych podczas recenzji nie wolno wykorzystywać dla własnej korzyści.

Redaktorzy i członkowie kolegium redakcyjnego nie biorą udziału w podejmowaniu decyzji dotyczących manuskryptów, wobec których mają konflikt interesów (w tym własnych prac lub prac bliskich współpracowników i współautorów); w takich przypadkach manuskrypt trafia do innego redaktora. Decyzje o publikacji opierają się wyłącznie na jakości naukowej, oryginalności i zgodności z tematyką czasopisma, a nigdy na interesach komercyjnych lub osobistych.

Nieujawniony konflikt interesów wykryty po publikacji traktowany jest jako naruszenie etyki wydawniczej i może skutkować publikacją sprostowania lub wycofaniem artykułu.