European Journal of Interdisciplinary Issues jest czasopismem o otwartym dostępie i nie czerpie dochodów z prenumeraty ani ze sprzedaży artykułów. Aby zapewnić bezpłatny i stały dostęp czytelników do opublikowanych materiałów, redakcja stosuje opłatę za opracowanie artykułu (Article Processing Charge, APC), którą wnoszą autorzy lub instytucje finansujące badania.

Standardowa wysokość APC wynosi 100 euro za jeden przyjęty do druku artykuł. Dla autorów z Ukrainy, a także z krajów o dochodach poniżej średniej oraz krajów najsłabiej rozwiniętych obowiązuje obniżona stawka — 50 euro.

Opłata pobierana jest dopiero po pozytywnej decyzji recenzyjnej — to znaczy po przyjęciu artykułu do publikacji. Zgłoszenie, rozpatrzenie i recenzja manuskryptu są bezpłatne; nie przewiduje się żadnych dodatkowych opłat za zgłoszenie. Wysokość opłaty nie zależy od objętości artykułu i nie wpływa na decyzje redakcji: recenzowanie i podejmowanie decyzji odbywają się niezależnie od możliwości uiszczenia APC przez autorów.

Opłata pokrywa koszty redakcyjno-wydawnicze, w tym: organizację recenzji, redakcję naukową i techniczną, korektę i skład, nadanie cyfrowego identyfikatora DOI, hosting i długoterminowe archiwizowanie artykułu, a także wsparcie indeksowania w bazach naukometrycznych i katalogach bibliotecznych.

Na uzasadniony wniosek redakcja może rozważyć częściowe lub całkowite zwolnienie z opłaty (waiver) — w szczególności dla młodych badaczy lub w wyjątkowych okolicznościach. Decyzje takie podejmowane są indywidualnie i nie mają wpływu na wynik recenzji.

Dane do płatności przekazywane są autorowi w oficjalnym piśmie potwierdzającym przyjęcie artykułu do publikacji.